Мочевые органы у птиц представлены двумя трёхдольчатыми почками, глубоко втиснутыми между поперечными отростками крестцовых позвонков, и двумя мочеточниками, открывающимися прямо в клоаку. Мочевого пузыря у птиц нет. 

Семенники (testes) в виде овальных или яйцевидных образований лежат в брюшной полости краниально и вентрально от почек. Каждый семяпровод, мелко извиваясь, направляется назад, параллельно позвоночному столбу, сопровождая мочеточник своей стороны, и открывается в клоаку маленьким сосочком, латерально от мочеточника. Семенной канатик и придаточные половые железы отсутствуют. Некоторые птицы (в том числе домашние водоплавающие пластинчатоклювые птицы) имеют мужской член в виде несколько извитого фиброзного тела, лежащего на вентральной стенке клоаки. 

У птиц функционирует только относительно большой левый яичник, напоминающий по форме продолговатую, неправильно четырёхугольную пластинку, которая прикрепляется прочной складкой брюшины к стенке тела и большим кровеносным сосудам;другая складка соединяет яичник с яйцеводом. Левый яйцевод, вполне развитый у птиц, представляет длинную, широкую, извитую трубку, висящую на особом удвоении брюшины и открывающуюся в брюшную полость. Перед впадением в клоаку яйцевод образует три петли.